在增值稅的計算中，紅字發(fā)票和藍字發(fā)票的處理方式是不同的。藍字發(fā)票是正常開具的發(fā)票，而紅字發(fā)票則是用于沖減之前錯誤或多開的發(fā)票金額和稅額。

具體分析：

1. 藍字發(fā)票：這是正常情況下開具的發(fā)票，表示實際的交易金額和應(yīng)收的稅款。
2. 紅字發(fā)票：這是用于沖減之前錯誤或多開的發(fā)票金額和稅額的發(fā)票。

增值稅計算：

假設(shè)對方公司已經(jīng)按照以下情況處理：
- 開具了4張藍字發(fā)票。
- 開具了2張紅字發(fā)票。

那么，本月的增值稅計算應(yīng)該是：



舉例說明：

假設(shè)每張藍字發(fā)票的稅額為 \( T_{藍} \)，每張紅字發(fā)票的稅額為 \( T_{紅} \)。

那么，本月的增值稅應(yīng)納稅額可以表示為：



注意事項：

1. 確保金額一致：紅字發(fā)票的金額應(yīng)該與原藍字發(fā)票的金額一致，以確保沖減的準確性。
2. 稅務(wù)申報：在稅務(wù)申報時，需要在增值稅申報表中反映這些紅字發(fā)票和藍字發(fā)票的情況，確保稅務(wù)數(shù)據(jù)的準確性。

希望這些解釋能幫助您更好地理解增值稅的計算和紅字發(fā)票的處理方式。如果有更多細節(jié)或疑問，歡迎繼續(xù)提問。

紅字發(fā)票的開具通常是為了更正之前的錯誤或調(diào)整交易金額。關(guān)于您提到的情況，即對方已經(jīng)繳納了稅款但無法開具紅字發(fā)票的問題，這里有幾個關(guān)鍵點需要澄清：

1. 紅字發(fā)票與稅款抵扣：紅字發(fā)票的主要作用是沖減原發(fā)票的金額和稅額，而不是直接抵扣已繳納的稅款。如果對方已經(jīng)根據(jù)錯誤的發(fā)票繳納了稅款，那么開具紅字發(fā)票后，這部分稅款并不會直接退回，而是會通過后續(xù)的稅務(wù)申報過程進行調(diào)整。

2. 稅款調(diào)整方式：在開具紅字發(fā)票后，如果對方公司已經(jīng)認證了原發(fā)票并繳納了稅款，那么他們需要在次月申報期進行進項稅額轉(zhuǎn)出處理，并在附表二的第21行填寫相關(guān)數(shù)據(jù)。這樣做的目的是將多繳的稅款從進項稅額中轉(zhuǎn)出，以便在未來期間進行抵扣或申請退稅。

3. 退稅申請：對于小規(guī)模納稅人來說，如果他們因開具增值稅專用發(fā)票已經(jīng)繳納了稅款，并且發(fā)生了銷貨退回或開票錯誤等情況，他們可以在增值稅專用發(fā)票全部聯(lián)次追回或者按規(guī)定開具紅字專用發(fā)票后，向主管稅務(wù)機關(guān)申請退還已繳納的稅款。但需要注意的是，這一規(guī)定主要適用于小規(guī)模納稅人，且有一定的條件限制。

4. 實際操作建議：鑒于您提到的情況較為復(fù)雜（涉及冷庫費、金額錯誤等），建議您與對方公司進行充分溝通，了解他們的具體顧慮和需求。

綜上所述，開具紅字發(fā)票后并不能直接做到減除已繳納的稅款，而是需要通過后續(xù)的稅務(wù)申報過程進行調(diào)整。如果您有進一步的疑問或需要更具體的操作指導(dǎo)，請隨時告訴我。